Porezni obveznik mora sukladno članku 82. Zakona PDV-u čuvati kopije računa koje je izdao ili ih je u njegovo ime i za njegov račun izdala treća osoba ili kupac odnosno primatelj dobara ili usluga te sve račune koje je primio. Računi se mogu čuvati u papirnatom ili elektroničkom obliku.
Porezni obveznik koji izdane ili primljene račune pohranjuje pomoću elektroničkih uređaja kojima se jamči online pristup podacima mora na zahtjev omogućiti tijelu koje obavlja nadzor pravo pristupa, preuzimanja i korištenja tih računa.
Ako tuzemni porezni obveznik odluči kopije računa koje je izdao i račune koje je primio, čuvati izvan Republike Hrvatske, mora o tome izvijestiti nadležnu ispostavu Porezne uprave i Poreznoj upravi i drugim tijelima nadležnim za nadzor na njihov zahtjev bez odlaganja omogućiti uvid u iste.
Porezni obveznici moraju izdane i primljene račune, dokumente o ispravcima računa, dokaze o izvozu odnosno uvozu, dokumente temeljem kojih su korištena oslobođenja od plaćanja PDV-a, obračune PDV-a, poslovne knjige i knjigovodstvene isprave kao i svu drugu dokumentaciju bitnu za utvrđivanje i plaćanje PDV-a čuvati u rokovima propisanima Općim poreznim zakonom, odnosno 10 godina od početka tijeka zastare prava na utvrđivanje porezne obveze, uz uvjet da posebni propisi ne određuju dulje rokove njihova čuvanja. Zakon o računovodstvu (Narodne novine, broj 109/07 i 54/13) 6propisuje rok od najmanje 11 godina za čuvanje isprava temeljem kojih su uneseni podaci u poslovne knjige, pri čemu rok za čuvanje navedenih knjigovodstvenih isprava počinje teći zadnjeg dana poslovne godine na koju se odnose poslove knjige u koje su isprave upisane. Dokumentacija koja se odnosi na oporezivanje nekretnina prema Zakonu o PDV-u, mora se čuvati 10 godina od proteka godine na koju se odnosi.